Gene expression profiling in response to heat and water stress in maize kernel

Abstract

New high-throughput techniques, together with advances in analytical and computational technologies are enabling systemic investigations of molecular processes of biological systems. Clustering is widely applied by biologists in genome sequencing projects and phylogenetic studies. In the microarray expression analysis, the aim of cluster is to better organize but not to alter primary data: genes are visually organized according to the statistical transformation and calculation, due to the expression pattern in maize kernel during heat and water stress. Besides grouping together genes with similar patterns of expression, genes are represented by increased intensity of red, dig. green color, according to their up- or down-regulation in stress condition, compared to control.

Nove tehnike, zajedno sa dostignućima u analitičkoj i kompjuterskoj tehnologiji omogućile su sistematsko ispitivanje molekularnih procesa u biološkim sistemima. Klaster analiza se široko primenjuje od strane biologa u programima sekvencioniranja genoma i filogenteskim proučavanjima. U proučavanju ekspresije gena korišćenjem "microarray" tehnike, cilj klaster analize je da se bolje organizuju, ali ne i zamene izvorni podaci: geni su vizuelno organizovani na osnovu statističkih transformacija i proračuna, a prema načinu ekspresije u uslovima toplotnog i vodnog stresa u zrnu kukuruza. Pored grupisanja gena sa sličnim načinom ekspresije, svaki gen je predstavljen različitim intenzitetom crvene, tj.zelene boje u zavisnosti od toga da li je utvrđeno povećanje ili smanjenje ekspresije gena u uslovima stresa u odnosu na kontrolu.